Nowe realia fakturowania związane z wejściem w życie KSeF wiążą się z licznymi wątpliwościami interpretacyjnymi. W związku z niejednokrotnym brakiem precyzyjnych regulacji, warto na bieżąco analizować stanowiska organów podatkowych w tym zakresie. W niniejszym artykule prezentujemy wybrane interpretacje indywidualne, w ramach których Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej prezentuje obecne stanowisko w odniesieniu do wątpliwości przedstawianych przez podatników w związku z KSeF.
1) Akceptacja faktury w KSeF wystawianej w ramach samofakturowania
Jakkolwiek przewidziane w ustawie o VAT rozwiązania regulujące funkcjonowanie KSeF nie wprowadziły zmian do przepisów dotyczących tzw. „samofakturowania”, w praktyce okazuje się, że wejście w życie powszechnego KSeF wiąże się ze zmianą dotychczasowej praktyki w zakresie sposobu akceptacji faktur wystawianych przez nabywcę w imieniu sprzedającego. Na powyższe wskazują interpretacje indywidualne DKIS z 27.02.2026, nr. 0112-KDIL1-3.4012.874.2025.2.KK oraz z 20.03.2026 r., sygn. 0114-KDIP4-1.4012.44.2026.3.DP.
Jak wynika ze wskazanych interpretacji, wdrożenie obligatoryjnego KSeF obliguje nabywców do przesyłania sprzedawcom projektów faktur w formacie XML (zgodnym ze strukturą logiczną) w celu ich akceptacji w ramach samofakturowania. Taki mechanizm nie wynika bezpośrednio z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług i może wiązać się z problemami praktycznymi.
2) Ryzyko dodatkowego VAT wynikające z przekazanej wadliwej „wizualizacji” faktury
Wdrożenie obligatoryjnego KSeF rewiduje również dotychczasowe podejście dotyczące skutków przekazywanych kontrahentom dokumentów. Jak wynika ze stanowiska zaprezentowanego przez organ w interpretacji z 15.05.2026 r., nr 0112-KDIL1-1.4012.148.2026.2.WK, w przypadku wydania klientowi wadliwej wizualizacji faktury ustrukturyzowanej, tj.: a) której nie został jeszcze nadany numer KSeF, b) niezawierającej kodu QR, c) niezawierającej numeru KSeF lub d) niezawierającej numeru KSeF i kodu QR, uważa się, że faktura taka została wprowadzona do obrotu, w związku z czym po stronie podatnika powstanie obowiązek zapłaty podatku VAT z takiej faktury na podstawie art. 108 ust. 1 (aby taki obowiązek nie wystąpił należy skorygować fakturę).
Analogiczne od powyższego stanowisko zostało zaprezentowane także w interpretacji z 30.04.2026 r., nr 0114-KDIP4-2.4012.87.2026.1.MC, w której wskazano, iż w sytuacji, gdy wizualizacja PDF będzie zawierała wszystkie kluczowe dane dla faktury, a jednocześnie będzie się różnić od faktury ustrukturyzowanej, może zostać uznana za odrębną fakturę, o której mowa w art. 108 ustawy, w związku z czym wystąpi obowiązek zapłaty wykazanego w niej podatku VAT.
3) Brak możliwości fakturowania poza KSeF ze względu na trudności techniczne podatnika
Kolejnym obszarem budzącym wątpliwości przedsiębiorców jest możliwość stosowania dotychczasowych, tradycyjnych faktur elektronicznych (np. w formacie PDF) lub papierowych w sytuacji problemów technicznych po stronie podatnika. Zagadnienie to stało się przedmiotem oceny Dyrektora KIS w interpretacji z 02.06.2026 r. nr 0111-KDIB3-1.4012.198.2026.1.IK, w której to, w odniesieniu do podatnika, który ze względu na przekroczenie w 2024 r. obrotów w wysokości 200 000 000 zł został objęty obligatoryjnym KSeF od 1 lutego 2026 r., organ uznał za nieprawidłowe stanowisko podatnika, zgodnie z którym byłby on uprawniony do wystawiania faktur poza KSeF, tj. w formie elektronicznej lub papierowej, z przyczyn wewnętrznych leżących po stronie tego podatnika.
W wydanej interpretacji organ przypomniał, że przepisy ustawy o VAT zawęziły możliwość stosowania faktur innych niż ustrukturyzowane do ściśle określonych przypadków. Należą do nich wyłącznie ustawowe tryby szczególne (tryb offline, tryb offline24, tryb awaryjny, awaria całkowita). Wystawienie faktury w tradycyjnej postaci papierowej lub elektronicznej (np. PDF) poza wskazanymi trybami ustawowymi stanowi działanie niezgodne z obowiązującymi przepisami.
4) Anulowanie projektów faktur XML przed ich wysyłką do KSeF
Praktyczną kwestią budzącą wątpliwości podatników jest także status dokumentów przygotowanych w formacie XML, które przed wysyłką do KSeF okazały się błędne lub niedokumentujące rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Zagadnienie to rozstrzygnął Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z 09.06.2026 r., nr 0114-KDIP1-1.4012.220.2026.2.AWY. W wydanej interpretacji organ potwierdził, że w odniesieniu do dokumentów, które nie zostały wprowadzone do obiegu prawnego (nie udostępniono ich nabywcy w żaden sposób ani nie przesłano do KSeF) i które ze względu na błędy (np. nieprawidłowy opis usługi czy błędne kwoty) nie dokumentują faktycznych zdarzeń, podatnik ma prawo do ich anulowania na etapie wewnętrznego tworzenia w systemie księgowym.
W konsekwencji przedsiębiorcy nie mają obowiązku wprowadzania takich dokumentów oraz ich późniejszego korygowania w KSeF. Organ zastrzegł jednak, że procedura ta dotyczy wyłącznie plików XML na etapie wewnętrznej akceptacji i weryfikacji. Sam system KSeF nie przewiduje bowiem możliwości anulowania faktury, która została już do niego skutecznie przesłana i w nim wystawiona.
5) Brak obowiązku wystawiania faktur w KSeF dokumentujących usługi zwolnione z VAT
Kolejną istotną kwestią w kontekście funkcjonowania KSeF jest ustalenie obowiązków ewidencyjnych w odniesieniu do czynności zwolnionych z VAT. Zagadnienie to zostało poruszone w interpretacji z dnia 29.05.2026 r., nr 0113-KDIPT1-2.4012.402.2026.1.KT. W wydanej interpretacji organ wskazał, że zgodnie z art. 106b ust. 2 ustawy o VAT, podatnik nie jest zobowiązany do wystawiania faktur, w tym faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF, dokumentujących sprzedaż usług podlegających zwolnieniu od podatku VAT. Obowiązek taki nie powstanie, o ile świadczeniobiorca nie poprosi o wystawienie dokumentu w terminie określonym w art. 106b ust. 3 ustawy o VAT. Tym samym wejście w życie obligatoryjnego KSeF nie modyfikuje dotychczasowych zasad, według których sprzedaż zwolniona z VAT co do zasady nie wymaga fakturowania, chyba że wyraźne żądanie w tym zakresie zgłosi nabywca usługi.
kontakt: Magdalena Chmielewska-Cholewa, doradczyni podatkowa
email: magdalena.chmielewska@kdcp.pl